産まれた時間で、運命が分かれる世界があった。夜に産まれると、即座に国に引き取られ、兵役義務が課せられる。夜に街を襲う死獣と戦う「夜勤」の兵士として育てられるのだ。平和で恵まれた昼生まれの街を守る為に――。
夜生まれの15歳滝本一琉。夜生まれにとって太陽の光は猛毒だ。一琉たち夜勤は八九式小銃と高度分明期の遺物である太陽光線銃を手に、今夜も戦闘を開始する。
昼生まれたちはシェルターに守られ眠る。昼の街の文明は夜の街と比べてはるかに進んでいる。通貨も違う。太陽の下でなんの警戒心もなく昼の世界を満喫している。 「どうして俺は夜に生まれた!!!」
劣等感にさいなまれる一琉の前に現れた謎の少女。この少女との出会いが一琉たち「夜勤」の運命を大きく変えることとなるーー。